二代扩增子测序（Amplicon Sequencing）是一种基于特定引物对目标基因区域进行 PCR 扩增后，通过高通量测序平台进行序列分析的技术。
二代宏基因组测序（Shotgun Metagenomic Sequencing）是一种基于高通量测序平台，对环境或宿主样本中的全部微生物DNA进行随机打断并测序的技术。
二代宏转录组测序（Metatranscriptomic Sequencing）是一种对样本中全部RNA分子进行无偏倚高通量测序的技术
